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Nachwuchsgruppe "Proteomics Algorithmen und Simulation"


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Diplom-/Masterarbeiten

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Studien-/Bachelorarbeiten

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D I P L O M A R B E I T E N / M A S T E R A R B E I T E N

   

Offene Diplomarbeiten / Master Theses:

Thema
BetreuerIn
Tumorklassifikation Kay Nieselt / Königsrainer (UK Tue)
 

Offene, extern betreute Diplomarbeiten / Master Theses:

Thema
BetreuerIn
   

Laufende Diplomarbeiten:

Thema
BetreuerIn
BearbeiterIn
Genomweite Vergleiche der Proteine in pathogenen und apathogenen Staphylokokkengenomen Kay Nieselt / Prof. F. Goetz Stefan Raue
ncRNAs in Staphylokokken Kay Nieselt / Prof F. Goetz Daniel Lehle
Progressives Partial Order Alignment mit Anwendung auf Transkriptionsfaktorbindungsstellen Kay Nieselt / Prof. Ralf Sommer (MPI Tübingen) Georgios Papadopoulos
Matrix multiplication and motif finding for Mayday Kay Nieselt Sebastian Nerz
   

Abgeschlossene Diplomarbeiten:

 
Thema
BetreuerIn
BearbeiterIn
Beendet
Skalierbare Methoden zur interaktiven Visualisierung genomweiter Genexpressionsdaten Kay Nieselt / Prof. Dirk Bartz (Uni Leipzig) Christian Zipplies June 2009
Algorithms for combining and comparing ChIP-chip and expression data Kay Nieselt / Prof. Müller-Tidow (Uniklinik Münster) Lucia Spangenberg June 2009
Algorithms and web service for OrthoExpress Kay Nieselt / Tobias Rasse (Hertie-Institut) Hannes Angst April 2009
Illumina array algorithms for Mayday Kay Nieselt / Michael Bonin (Microarray Facility Tübingen) Nastasja Trunk March 2009
Algorithmen zur Merkmalsselektion aus Expressionsexperimenten zur Klassifikation von multiplen Tumortypen Kay Nieselt / Prof. Müller-Tidow (Uniklinikum Münster) Karin Zimmermann September 2008
Automated extraction of SNP data from literature sources Kay Nieselt / C. Friedrich, R. Klinger, Prof. M. Hofmann-Apitius (Fraunhofer Institut Bonn) Philippe Thomas August 2008
Visualization and clustering of the expression content of multiple groups using barycentric coordinates Kay Nieselt / Dr. Michael Bonin Stephan Gade July 2008
Classification of non-coding RNAs in prokaryotes Kay Nieselt / Prof. Takano (Univ. Groningen) Alexander Herbig June 2008
Algorithmen zur Identifizierung rhythmischer Expressionsmuster Kay Nieselt / Dr. Derek Zieker und Prof. Northoff (Transfusionsmedizin IKET) Katharina Buck May 2008
SpRay: Eine Visual Analytics-Plattform für hochdimensionale Daten Kay Nieselt / Janko Dietzsch and Prof. Dirk Bartz (Uni Leipzig) Julian Heinrich February 2008
XML als Werkzeug zur Verwaltung und Integration von Microarray-Daten Kay Nieselt / Prof. Oliver Kohlbacher Claas Eggert December 2007
OrthoExpress: Organismenübergreifen Expressionsanalysen aus multiplen Experimenttypen Kay Nieselt / Dr. Tobias Rasse (Hertie-Institut Tü) Michael Knopp November 2007
Analysis of epigenetic modifications in leukemia patients Kay Nieselt / Prof. Carsten Müller-Tidow (Uniklinik Münster) Florian Battke November 2007
Structural Analysis of Natural Antisense transcripts Kay Nieselt / Dr. Stephan Steigele and Prof. Peter Stadler (Uni Leipzig) Mathias Ganter September 2007
Comparative expression analysis of Natural Antisense Transcripts Kay Nieselt / Prof. Eriko Takano (Univ. Groningen) Christian Bender September 2007
Robuste Merkmalsselektion aus Bipartitionen von Microarray-Expressionsdaten mit Anwendungen auf aggregierte Tumordaten Kay Nieselt / Dr. Derek Zieker und Prof. Königrainer (UKT) Christian Schillinger August 2007
Molekulare Signaturen primärer intestinaler Tumore Kay Nieselt / Dr. Derek Zieker / Prof. Königsrainer (Klinikum Tübingen) Bettina Knapp August 2007
Molekulare Evolution im Guppy Prof. C. Dreyer (MPI f. Entwicklungsbiologie) / Kay Nieselt Eva-Maria Willig Januar 2007
Comparative Analysis of Genome Architecture in Caenorhabditis Dr. Christoph Dieterich (MPI f. Entwicklungsbiologie) / Kay Nieselt Christian Rödelsperger Dezember 2006
Funktionelle Analyse von Genexpressionsdaten und Visualisierung beteiligter metabolischer Netzwerke (in Kollaboration mit Uniklinik Tübingen, PD Fehm) Kay Nieselt / Dr. Hans Neubauer Katrin Deubel August 2006
A survey of Natural Antisense Transcripts in the bacteria and archaea kingdoms (in Kollaboration mit Inst. f. Biotechnologie, Prof. Wohlleben) Kay Nieselt / Stephan Steigele Markus Riester Juli 2006
Machine learning algorithms for Microarray Data Kay Nieselt / Prof. Oliver Kohlbacher Stephan Symons April 2006
Visualisierung und Analyse von CHip on Chip-Experimenten (in Kollaboration mit Universität Münster, Dr. Müller-Tidow) Kay Nieselt Matthias Zschunke März 2006
Visualization and Analysis of LC/MS Proteomics Data Kay Nieselt / Leroy Hood (ISB Seattle) Nils Gehlenborg März 2006
New Results on Evolutionary Trees Kay Nieselt / Prof. Daniel Huson Tobias Thierer Dezember 2005
Algorithmen für Resequencing Microarrays (in Kollaboration mit Uniklinik Tübingen, Prof. Riess) Kay Nieselt Kirstin Weber Dezember 2005
Identifikation und Charakterisierung repetitiver Elemente in den Nematoden Pristionchus pacificus und C. elegans (in Kollaboration mit MPI f. Entwicklungsbiologie, Prof. R. Sommer) Prof. Ralf Sommer (MPI) / Stephan Steigele / Kay Nieselt Alexander Breit Mai 2005
3did: a structural framework for second generation prediction algorithms of protein-protein interactions (in Kollaboration mit EMBL Heidelberg Dr. Patrick Aloy) Dr. Patrick Aloy (Biologiebetreuer) / Kay Nieselt Amelie Stein Mai 2005
Detektion Wachstumsphasen-regulierter Gene in Streptomyces coelicolor (in Kollaboration mit Inst. f. Mikrobiologie, Dr. Eriko Takano) Dr. Eriko Takano (Biologiebetreuerin) / Kay Nieselt Daniela Eggle März 2005
   

Abgeschlossene extern betreute Diplomarbeiten:

 
Thema
BetreuerIn
BearbeiterIn
Beendet
Automated extraction of SNP data from literature sources Kay Nieselt / C. Friedrich, R. Klinger, Prof. M. Hofmann-Apitius (Fraunhofer Institut Bonn) Philippe Thomas August 2008
Improving Gene Finding Accuracy with Tiling Array and RNA-Seq Data Kay Nieselt / Dr. Gunnar Raetsch (MPI Tuebingen) Jonas Behr August 2008
Analysis of small RNA pathway mutants using whole genome tiling arrays Kay Nieselt / Prof. D. Weigel (MPI Tuebingen) Timo Sachsenberg September 2008
Analysis of alternative transcripts in Arabidopsis thaliana with whole genome arrays Kay Nieselt / Dr. Gunnar Raetsch (MPI Tuebingen) Johannes Eichner Juli 2008
   

S T U D I E N A R B E I T E N / B A C H E L O R A R B E I T E N

   

Offene Bachelorarbeiten:

Thema
BetreuerIn
Java Beanshell for Mayday
K. Nieselt / Florian Battke
Enhancing Data Visualizations with Meta Information
K. Nieselt / Florian Battke
Visual Analytics for Resequencing Microarrays
K. Nieselt / Stephan Symons
Differential Expression
K. Nieselt / Stephan Symons
Pipeline for annotation of ncRNAs in Prokaryotes
K. Nieselt / Alexander Herbig
   

Offene, extern betreute Bachelor-/Studienarbeiten / Bachelor Theses:

Thema
BetreuerIn
   

Laufende Bachelorarbeiten:

Thema
BetreuerIn
BearbeiterIn
Processing Pipeline for dual-channel Microarray data
K. Nieselt / Stephan Symons
Sina Beier
Motif finding in Mayday
K. Nieselt / Stephan Symons / Florian Battke
Frederik Weber
   

Abgeschlossene Bachelorarbeiten:

 
Thema
BetreuerIn
BearbeiterIn
Beendet
QT-Clustering for Mayday
K. Nieselt / Janko Dietzsch
Günter Jäger
August 2008
Entwicklung eines effizienten Frameworks zur interaktiven Visualisierung in Mayday
K. Nieselt / Florian Battke
Philipp Bruns
September 2008
Regulatorische Netzwerke mit Association Mining
K. Nieselt / Stephan Symons
Christian Sieber
September 2008
Database and Analysis of Immunology expression data
K. Nieselt / Stephan Symons
Steffen Sass
September 2008
   

Laufende Studienarbeiten:

Thema
BetreuerIn
BearbeiterIn
Pathogenität in Staphylokokken
K. Nieselt / Prof. Goetz
Gideon Zipprich
GlnR Regulation in Actinomycetes Kay Nieselt / Jens Reuther Lars Rosenbaum
Ein interaktiver TreeBrowser von Microarraydaten und splitinduzierte Merkmalsselektion Kay Nieselt Thomas Loeffler
   

Abgeschlossene Studienarbeiten:

 
Thema
BetreuerIn
BearbeiterIn
Textmining in Mayday Kay Nieselt Michael Piechotta
Genomweite Vorhersage von nicht-kodierenden RNA-Genen in Neisseria Meningitidis Kay Nieselt Stephan Körner
Visualisierung von NAT-Netzwerken Kay Nieselt Marc Rurik
A Mayday plugin for Affymetrix chip analysis Kay Nieselt / Stephan Symons Anna Jasper
Visualisierungsmodule zur Array-Qualitätsanalyse in Mayday Kay Nieselt / Stephan Symons Nastasja Trunk
Eine Pipeline zur automatischen genomweiten Detektion und Annotation von Antisense-Transkripten Kay Nieselt / Stephan Steigele Jörg Hagmann
Eine Pipeline zum automatischen, genomweiten Primer-Design von kodierenden und nicht-kodierenden Genen Kay Nieselt / Eriko Takano (Univ. Groningen) Klaus Kopec
High-throughput automization of annotation of antisense transcripts in many genomes Kay Nieselt / Stephan Steigele Claudia Eisbrenner
Genomweite Vorhersage von nicht-kodierenden RNA-Genen in Streptomyzeten Kay Nieselt / Stephan Steigele Jonas Müller
Konvergierende Phylogenien Kay Nieselt / Stephan Steigele Michael Hagmann
A Graphical Filtering Framework for Mayday Kay Nieselt / Janko Dietzsch Florian Battke
Detektion biologischer Repeats mit Hilfe von Suffixbäumen Stephan Steigele / Kay Nieselt Britta Hagmeyer
Implementierung von Clusterverfahren in Mayday (in Kollaboration mit MPI f. Entwicklungsbiologie, Prof. D. Weigel, Dr. Stefan Henz ) Janko Dietzsch / Stefan Henz (externer Betreuer) / Kay Nieselt Markus Riester
Microarray-Datenbank höherer Eukaryonten mit Anbindung an Mayday Janko Dietzsch / Kay Nieselt Stephan Symons
Erstellung einer Pipeline zur automatischen Rekonstruktion von Phylogenien orthologer Repeatfamilien in Nematoden Stephan Steigele / Kay Nieselt Ralf Eilbracht und Jan Meier-Kolthoff
Anbindung von R in Mayday Janko Dietzsch / Kay Nieselt Matthias Zschunke
Detektion und Annotation von Repeats in Pristionchus pacificus Stephan Steigele / Kay Nieselt Alexander Breit
Integration von Quartett-Mapping in jSPLITS Kay Nieselt / Tobias Klöpper Kristoffer Forslund
Visualisierung von geclusterten Genexpressionsdaten Janko Dietzsch/Kay Nieselt Nils Gehlenborg
Genomweite in silico Detektion und Annotation von Natürlichen Antisense Transkripten in Saccharomyces cerevisiae Stephan Steigele/Kay Nieselt Daniela Eggle
J-iQMAP: interactive Quartet Mapping in Java Janko Dietzsch/Kay Nieselt Carola Huthmacher
Integration von VMATCH und RepeatMasker Stephan Steigele/Kay Nieselt Kirstin Weber
Detektion von Motiven in regulatorischen Regionen mit Signaltransformationen Janko Dietzsch/Kay Nieselt Marc Röttig
   

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